咳嗦衣原体感染通常为自限性疾病，但重症或有基础疾病的患者可能出现病情加重。
咳嗦衣原体感染时，由于病原体持续存在，可能会导致免疫系统的过度激活，从而引起一系列的免疫应答。对于健康个体而言，这种免疫应答有助于清除病原体，因此疾病一般可以自行痊愈。但对于重症或有基础疾病的患者，由于其免疫功能受损，无法有效对抗感染，此时病情容易恶化，甚至引发其他并发症。
咳嗦衣原体感染可能伴随发热、头痛等症状，严重程度因人而异。
在诊断咳嗦衣原体感染后，患者需要遵医嘱使用阿奇霉素等抗生素治疗，避免盲目用药，以免出现耐药性。
