结节性肝硬化可能导致多种并发症，其中较为常见的包括肝性脑病、上消化道大出血和感染。
肝性脑病是由于急慢性肝病或身体分流引起的代谢紊乱导致的神经精神异常。临床表现可以从轻微的智力测试或电生理测试异常到行为异常、意识障碍甚至昏迷不等。
上消化道大出血多由食管或胃底静脉曲张破裂引起，也可能并发消化性溃疡、急性出血性糜烂性胃炎或贲门撕裂综合征等胃黏膜病变。粗糙硬质食物可能损伤已经曲张的静脉，导致大量出血，严重时可引发休克。肝脏缺血缺氧会进一步恶化肝功能，而失血则会导致血浆蛋白减少，从而促进腹水形成。肠道细菌分解血液产生氨，被肠黏膜吸收后可诱发肝性脑病，甚至导致死亡。出血后原本肿大的脾脏可能会缩小甚至无法触及。
由于免疫系统功能下降、脾功能亢进以及门静脉侧支循环建立，结节性肝硬化患者更容易发生各种感染，如支气管炎、肺炎、结核性腹膜炎、原发性腹膜炎、胆道感染及革兰阴性杆菌败血症等。特别是对于有大量腹水的患者来说，原发性腹膜炎的发生率较高，这主要是因为肝硬化患者的吞噬细胞噬菌能力减弱，使得肠道细菌容易通过肠壁进入腹腔，并且细菌还可以通过侧支循环进入血液循环或淋巴系统，引起全身性感染。
