肛瘘手术三年后有点痛可能是正常的。
由于肛瘘是一种较为复杂的疾病，其治疗通常需要进行复杂且耗时较长的手术，因此术后恢复时间相对较长。虽然经过了三年的时间，但此时仍然处于病情恢复期，如果只是偶尔感到轻微疼痛，没有其他不适症状，并且不影响日常生活，通常是正常的。
若患者还伴有瘙痒、分泌物增多等症状，则可能不正常，需考虑复发或并发感染等情况。
在术后恢复期间，患者应避免辛辣刺激性食物，以减少排便时的摩擦和刺激，保持局部清洁干燥，以免引起感染。
