广西师範大学出版社的回答：
生物进化论的证据首先是化石。科学家通过对化石生物与后来的生物进行对比，找出其进化的证据。另一个证据是通过对不同动物相应器官的对比，如人的手和鸟类的翅膀，虽然表面不一样，但结构和起源却相同，来说明人和鸟类在远古时代有共同的祖先。
此外，还可以通过对不同生物的胚胎进行研究，找出它们在发育学上的共同祖先和依据。
化石化石是动物或植物死亡后的残体经过长时间而没有腐烂，数年后成为地壳的一部分。有的化石是机体自身完好的储存，有的是在沉积岩中的印模，有的是生存时留下的痕迹。到目前为止，已发现的化石有几百万种，大部分是海中生物的化石。
通过研究这些化石，科学家可以逐渐认识遥远的历史时期生物的形态、结构、类别，可以推测出亿万年来生物起源、进化、发展的过程，还可以恢复漫长的地质历史时期各个阶段地球的生态环境。
️生物进化的证据有哪些？
sky曹泰铭的回答：
1. 凌乱的化石证据
进化论者常用的一个较为完备的进化谱系证据是脊椎动物序(vertebrate sequence)，包括从鱼类到两栖类，爬行类，鸟类，哺乳动物，直至人的进化。从鱼类到两栖类，曾发现一种叫rhipidistian的鱼化石，其骨骼特徵类似于两栖类，因此被认为是鱼类到两栖类的过渡型别。但当另一种叫coelacanth的活化石发现后，这种观点被立即推翻，因为这两种动物在进化谱系中的亲缘关係是极近的，但研究表明，coelacanth并无任何上岸的可能性。
曾经轰动一时的始祖鸟(archaeopteryx)，曾被视为进化论的铁证，因为它即具有爬行动物的特徵，又具有鸟类的特徵而被视为一个着名的过渡型别。后来发现，始祖鸟所具有的爬行类特徵，如爪和牙齿，在现代鸟类中也存在，如南美洲opistho***nsh-oatzin 和非洲的touracocorythaix。也就是说这个证据并不能用于判定鸟类与爬行类的过渡型别。
另外，jensen早在2023年《science》上发表的**指出，与始祖鸟同一地层出土的化石被怀疑为近似于现代鸟类动物的股骨，因此，始祖鸟即非「始祖」，也非种间型别。2023年在中国辽宁发现的年代与始祖鸟相同或更早的鸟类化石更加深了始祖鸟的地位危机。
在从猿到人的进化过程中，拉玛古猿(ramapithecus)具有重要意义。它的下颌骨兼具人类与猩猩的特徵，牙床结构类似于人，不具有猩猩的门齿与犬齿，但上下颌的距离与颌骨的长度又近似于猩猩，这被视为是进化论的一个铁证。然而后来在非洲发现的一种狒狒(theropithecusglade)与拉玛古猿具有相同的牙齿及面骨特徵，但却被视作一种狒狒。
由此可见，这个判据也是模稜两可的。
2. 寒武纪生物大**(cambrian explosion)
达尔文对自己理论的最终归宿评价道：「如果可以证明任何複杂的器官不能通过无数的，持续的，微小的改变形成的话，我的理论将绝对失败」。
寒武纪生物大**恰恰提供了一个极好的例证。大约在五亿三千万年前，在短短的几万年内，几乎现在所有生物的门同时出现在地球上。从海洋里巨大的管状蠕虫，甲壳类到较为高阶的脊索动物并存。
如果进化确如达尔文所言由点滴的，渐进的方式进行，那么数百万年的时间无论如何也不足以完成这一历程。虽然寒武纪之前的多细胞生物化石也有发现，但按进化论的观点，它们与寒武纪生物并无承传关係。现代达尔文主义者stephen j gould亦无法解释，称之为「迷中之迷」(enigma of enigmas)，事实上寒武纪生物大**是进化论不可逾越的障碍。
3. 人类的起源
在《物种起源》发表之际，达尔文曾说：「只有人类的进化，怎么都不可能用我的进化论来说明」。
的确，从进化论的观点来看，人类的进化太快了。以人为例，进化论者认为，人类诞生的历程为：南方古猿(australopithecus 200万年前) ----原人(代表为beticonturops 50万年前) ---- 旧人(代表为neanderthalian 10万年前)----新人(5万年前) ---- 现代人类(5千年前).
在这一过程中，人脑容量以**般的速度增大。而现代人类产生后，进化又彷彿突然消失了，五千年来人的脑容量基本未变。再看脑细胞数量，现代类人猿为10亿个，而现代人类约为140亿个。
单从数字上看是增大了14倍，但智力水平却发生着跳跃性的变化，这些证据强烈地暗示：这个进化树是不正确的。这些物种也许根本没有任何亲缘关係，而进化论者只是按时间顺序把它们拼凑在一起而已。
另外，六十年代以来，肯亚olduvai峡谷和rudocf湖附近地区的考古发现，也给进化论提出了许多反例。2023年出土了一具类人动物的头骨化石，编号为knm-er-1470，简称1470号人。按其分类特徵，它类似于现代人，属于人属(homo genus)，比南方古猿和直立猿人(homo erectus)要进步得多，但它却处于290万年前。
1470号人比进化论者所公认的人类始祖南方古猿早九十万年，比直立猿人早二百万年。这从根本上动摇了进化论的证据，成为古人类学中的一件悬案，至今没有一个进化论者能够归属1470号人在进化树中的位置。
(三)胚胎学
与比较解剖学类似，胚胎学从生物发育过程中形态的变化，推论出高等动物的胚胎在发育中重现其进化历程。如人类胎儿在发育之初与猪和鼠的胎儿都具有鳃裂和尾，形态也很相似，其实，这只是表面现象。首先，人类胎儿的「鳃裂」事实上不是鳃裂，而是快速发育的**的褶皱；其次，人类胎儿的尾状结构也绝不是尾，而是神经管。
在蛙胎髮育过程中的尾状结构亦是神经管。再次，形态这一表象是由基因决定的。较为普遍接受的hox基因调控理论认为，动物形态虽然丰富多彩，但在分子水平上的调控都是一致的，因此，动物胚胎髮育之初形态相似，是由于hox基因调控水平相同而已。
这是近年来发育生物学最为重大的发现之一。也就是说，从形态相似仍不能得出本质亦相似的结论。
二、 不可迴避的化学进化
生命产生前在分子水平上的进化(prebiological evolution)被称为化学进化。完整意义上的进化论，不仅要回答生命产生后的生物进化过程，而且还要解决生命物质是如何产生的问题。即怎样由简单，无机的小分子进化到複杂，有机的大分子，进而产生生命体。
但这个问题被进化论者们故意地迴避了。
《darwin's black box》一书的作者behe教授，对数种有关进化分子生物学的学术期刊(包括journal of molecular evolution，proceedings of national academy of sciences等权威杂誌)，近十年来所发表的上千篇文章的研究表明，在这方面的进行的工作是零。化学进化被迴避的原因很简单，是因为进化论者根本无法回答。流行的观点认为，原始地球拥有还原性大气，含有氮，氢，硫化氢等成份，不含或含少量的氧。
大气放电经常发生，原始海洋中水温较高，并有频繁的地质活动，如**，火山喷发等。基于这种观点，2023年stanley miller进行了着名的「原始汤」(prebiotic soup)实验，他在一个烧瓶中模仿原始地球的环境，用气体放电模拟雷电。实验结束后，在产物中分离到了氨基酸，这个结果轰动了科学界。
但更多的问题暴露后，乐观主义渐渐消失了。我们仅举两例，说明他们的困境。
(一)化学选择
所有生物大分子结构均表现为空间上的有序，蛋白质分子除了特定氨基酸的连线外，还能形成alpha-螺旋(helix)；beta-摺叠(sheet)等二级结构；结构域(structural domain)等**结构；直至形成四级结构---亚基(subunit)。双链dna分子由两条单链组成，除单个核甘酸的连线与氢键作用外，还能形成双螺旋和超螺旋(a-dna；b-dna；z-dna等)，所有这些结构都与该大分子的功能紧密相联。一旦这些结构遭到破坏，该大分子就会失活，所以生物体在合成生物大分子时表现出极高的精确性。
假设第一条具有生命功能的多(月太)链出现在原始海洋中，其序列为a，b，c...(a，b，c...代表天然的人体所需的二十种氨基酸)。其形成的必然条件是：
(1)a，b，c...等具有足够的浓度，这样a，b，c分子才有可能相遇而发生反应。
(2)从氨基酸形成多(月太)的反应是缩聚反应，每步反应会生成一分子水，从化学平衡的原理看，反应需要脱水剂，否则水将抑制该反应。
(3)假设a与b的结合是随机的，而结合c时是选择性的，按热力学原理，这是一个(火商)减的反应，必须得有外界能量的输入。如果以上三个条件全部成立，那么c到底是由什么因素决定而被选择的呢？进化论者只能回答：
绝对的随机。但在自然环境中，上述三个条件决不可能同时满足，这个随机过程缺乏先决条件。另外，从科学哲学的角度来看，进化论者的答案是不可能被证伪的(falsifiable)，而且在经验世界中是不可检验的。
behe教授在谈到这个问题时举了一个形象的例子，他认为，蛋白质绝对随机，自然地产生，就如同一个人指望把热水，鸡蛋，麵粉，糖和可可粉随机放在一起就能产生一个巧克力蛋糕一样荒唐。
(二)光学选择性
生物世界是一个不对称的世界，如果你注意观察过你的手，你会发现左右手在空间上无法完全重合，但左手和右手的映象却能重合。在化学中这种现象被称之为「手性」(chirality)，几乎所有的生物大分子都是手性的。比如，组**体的糖类一般是右旋的，而构成蛋白质的氨基酸都是左旋的。
而左旋的糖和右旋的氨基酸，几乎不能被人体利用。一般认为，在非手性的环境中不能产生手性化合物，而只能产生外消旋体，即等量的右旋和左旋体构成的混合物。现代不对称合成化学通常採用昂贵的手性催化剂，才能使反应按照人所期望的方向进行，得到单一的手性化合物。
在miller的实验里，所有得到的氨基酸都是外消旋体。假如还用前文所举的例子a-b-c...序列，又是谁选择了左旋的氨基酸呢？
众所周知，最简单的蛋白质是胰岛素--51(月太)，那么由自然界随机地从二十种天然外消旋体中选择合成一个51(月太)，得到全部由左旋氨基酸构成，具有生物活性的胰岛素分子的机率有多大呢？简单的数学计算可以证明是(1/40)的51次方。而在实践中，其机率是零，根本就不可能发生。
miller的实验带给进化论者的并不是福音，而是更加剧了其深刻的危机。
进化论发展至今，已经走入了死衚衕。它认为人类由偶然中产生，进化即无目的又无方向。进化论者已变成狭隘，自负的信仰者，丧失了科学的探索精神，甚至拒绝对任何进化论体系外的现象进行观察和研究。
他们认为科学是研究存在和获取知识的唯一途径，凡是现代科学无法证实的，无法研究的，都是不真实的，进化论就是绝对的真理，他们把自己封闭在一个小圈子里，不愿向外迈出一步。cornell大学
的william provine就断言，根据进化论的结论，人只是複杂的生物机器，没有任何特殊的意义。道德，信仰都不存在，也没有任何自由意志，这完全回到了十九世纪的机械唯物主义，是人类思想的重大倒退。可悲的是，这是信奉进化论的必然结果。
从科学史上看，固步自封只能加速旧体系的崩溃。如今，人类已经步入一个新的世纪，只要人们勇于打破固有的观念与框框，新科学的曙光一定会升起在地平线上。
在研究生物进化的过程中，化石是最重要的 比较全面的证据，化石在地层中出现的先后顺序，说明了生物是由简单到複杂 由低等到高等 由水生到陆生逐渐进化而来的，始祖鸟化石说明了鸟类是由古代的爬行动物进化来的等 而比较解剖学上的同源器官只是证明了具有同源器官的生物具有共同的原始祖先 胚胎学上的证据 如鳃裂 只...
a 化石是储存在地层中的古代生物的遗体,遗蹟或遗物.b 化石在地层中按照一定顺序出现的.越古老的地层中发掘生物化石结构越简单，越是晚期的地层中发掘生物化石结构越複杂。b，因为不同地层中发现的化石可以代表不同地质年代的生物特点，根据化石形成的时间顺序说明生物进化的方向 低等到高等 简单到複杂 水生到陆...
额，我感觉其实楼主对于生物的进化不必纠结于染色体在进化之路上的多寡，而是应该从基因这个角度看待进化，就像二楼说的，染色体只是基因的载体。对于三楼说的，病毒是地球上最早的微生物，它的变异到现在还没有结束，它为什么没有进化高等生物？那为什么不试着想想，高等生物也许是病毒变异进化路上的旁支，就像现在也有研...
